Ukazom Marije Terezije Subotica je 1779. dobila status Slobodnog Kraljevskog Grada (Maria Teresiopholis). Naselje je postalo grad, pa se pojavila potreba za novom infrastrukturom koje to vreme zahteva. Tako je nakon nepunih godinu dana, 10. januara 1780. godine, Gradski senat odobrio preduzimljivom gospodinu Čorda Ferencu (Czorda Ferenc) osnivanje prve građanske apoteke “Mađarska Kruna” (Magyar Korona gyógyszertar) u Gospodskoj (Úri) ulici.

Drugu apoteku u ovom gradu otvorio je 1813. Franjo Ksaver Pešl iz Budima. Nakon pet godina prodao je Ferencu Sabou, a ovaj 1829. godine Ignacu Mushameru (bežeći ispred epidemije kolere on je 1831. godine apoteku prodao Ernestu Martinoviću). Početkom šezdesetih godina 19. veka ova apoteka na Pijačnom (Glavnom) trgu bila je u vlasništvu Ignaca Joa, a do sredine poslednje decenije 19. veka njome su upravljali njegovi naslednici. Apoteku je 1895. godine kupio Ferenc Silberlajtner.

Ferenc Silberlajtner je rođen 1857. godine u tadašnjem Carigradu, gde se njegov otac, učesnik Revolucije 1848/49. godine sklonio od odmazde bečkih pobednika. Nakon završenih studija u Budimpešti proveo je nekoliko godina putujući i radeći po evropskim gradovima, da bi 1895. godine kupio subotičku apoteku Kod majke zaštitnice. Naredne godine potpuno je rekonstruisao staru i zapuštenu apoteku, što je podrazumevalo izradu novog, savremenog mobilijara. Tako je nastao nameštaj koji i danas pleni svojim skladom i lepotom. Kao čovek otvoren za sve novine modernog vremena (Belle Epoque) interesantno je da je Silberlajtner 1901. godine postao vlasnik prvog automobila u Subotici, a kasnije i gradonačelnik.

Početkom XX veka, razvojem grada i povećanjem broja stanovnika, počinje ubrzano otvaranje novih apoteka u gradu Subotici ali i u prigradskim i seoskim sredinama (Palić 1903, Stari Žednik 1906…).

Neposredno pred II Svetski rat u gradu radi 16 apoteka, koje nakon rata postaju narodne apoteke, sledeći sudbinu svog vremena, odnosno, socijalizma.

U novijoj istoriji subotičkih apoteka, kao najznačajniji, hronološki mogu da se izdvoje sledeći događaji:

• 1962. osnovana je Zdravstvena ustanova pod nazivom : Narodna apoteka Subotica, gde pojedine apoteke postaju ogranci
• 1974. Narodna apoteka Subotica postaje OOUR Medicinskog centra u Subotici, a bolnička apoteka se pripaja OOUR-u Apoteka.
• 1993. Apoteka se izdvaja iz Medicinskog centra i postaje : Zdravstvena ustanova Apoteka
• 1998. Vlada Republike Srbije – Ministarstvo zdravlja, preuzima Zdravstvenu ustanovu Apoteka i menja naziv u Apoteka Subotica, pod kojim posluje i danas.

1. januara 2007. godine osnivačka prava nad Apotekom Subotica preuzima Opština Subotica.